Во второй части трилогии, борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают вести восстание людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим экстраординарным навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы от её полного исчезновения приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества. Не обойдётся в фильме и без Агента Смитта, который предстанет перед нами в усовершенствованной версии.

Пока Армия Машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону. А единственной надежде человечества, избранному Нео, предстоит исполнить свою миссию, его ждет путешествие туда, куда не ступала нога человека - в самое сердце Города Машин, и решающая схватка с главным врагом - Агентом Смитом, созданным Матрицей и уже не контролируемымы ею. Считанные часы остаются до того момента, когда Зион падет и спасение людей будет невозможным...