В 2015 году огромные и невероятно мощные инопланетные машины войны, названные Ангелами, появились в Токио во второй раз. Единственной надеждой человечества является Евангелион, человекообразная машина, разработанная особым агенством NERV. Евангелион может противостоять Ангелам, и его единственной уязвимостью является ограниченное количество людей, которое может управлять им. Только несколько четырнадцатилетних подростков, родившихся 9 месяцев спустя после первого появления Ангелов, могут синхронизироваться с Евангелионом. Одним из таких подростков является Shinji Ikari, чей отец управляет командой NERV'а, разработавшей Евангелион. Втянутый в водоворот битв и событий, которые он не понимает, Shinji вынужден опираться на свои собственную смелость и силу, чтобы сражаться и выжить.

Завершение фильма оставляет возможность различных интерпретаций: очевидно, что Синдзи в какой-то момент преодолел проблемы сосуществования с окружающими и пришёл к готовности жить с ними, но был ли завершён «Проект содействия человечеству» и происходила ли вообще искусственная эволюция, остаётся нераскрытым напрямую.

Детали и сущность «содействия» в сериале также не раскрываются.

В «End of Evangelion» Синдзи запускает «содействие», но позже отменяет его. Размышления в конце сериала, как считают некоторые, происходят одновременно с действием «End of Evangelion», другие зрители считают, что сюжеты двух произведений не связаны, либо показывают две различные возможные развязки.